初期状態で作業をしているとURLは

http://hoge.com/mailform/index.php/entry/confirm

のようになり、「index.php」がURLに含まれてしまいます。
個人的にはちょっと美しくないなあと思うので消すことにしました。

まずはFulePHPインストールディレクトリの .htaccess を下記のようにします。

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]
</IfModule>

次に fuel/app/config/config.php を下記のように編集します。

//'index_file'  => 'index.php',
  'index_file'  => false,

これでURLは下記のようになるはずです。

http://hoge.com/mailform/entry/confirm

参考：初心者がFuelPHPで動的リンクを張ってみた - letsspeak's diary