先ほど書いた　[FuelPHP]デフォルト以外のデータベースを利用する　ですが、正しい方法を教えていただきました。そもそも FuelPHPには設定を切り替えるための簡単な方法がありました。

参考：環境 - 概要 - FuelPHP ドキュメント

fuel/app/config/　→　共通設定
fuel/app/config/development/　→　開発用設定
fuel/app/config/production/　→　公開（製品）用設定

という感じになっており、development/db.php に開発環境の、production/db.php に公開環境のDB設定を記述すればいいのでした。設定名も「default」のままで。

そして環境を切り替えるには、fuel/app/bootstrap.php を下記のように編集するだけです。

/**
 * Fuel::DEVELOPMENT　開発環境
 * Fuel::TEST　テスト環境
 * Fuel::STAGE　ステージング環境
 * Fuel::PRODUCTION　製品環境
 */
Fuel::$env = (isset($_SERVER['FUEL_ENV']) ? $_SERVER['FUEL_ENV'] : Fuel::PRODUCTION);

末尾の名前を書き換えるだけなんですね。便利。

追記

.htaccessで切り替える方法もあるようです。
参考：インストール方法 - インストール - FuelPHP ドキュメント

SetEnv FUEL_ENV production

環境変数「FUEL_ENV」を「development」にすれば開発環境なわけですね。